Πώς να υπολογίσετε Ακολουθία Κάλυψη

Εμπλουτισμός μελέτες απαιτούν τον υπολογισμό των δεδομένων αλληλουχίας για να προσδιοριστεί το επίπεδο κάλυψης . Αυτό γίνεται κυρίως με τα εργαστήρια γενετικής ακολουθίας που απαιτεί ολοκληρωμένη προετοιμασία των δειγμάτων DNA και τη συγκέντρωση προ - εμπλουτισμού . Υπολογισμός κάλυψη αλληλουχίας απαιτεί τη χρήση μεταβλητών που περιλαμβάνουν τη μέση κάλυψη αλληλουχίας , οι συνολικές στοχευμένες βάσεις και την αποτελεσματικότητα του εμπλουτισμού . Εκτέλεση αυτής υπολογισμός γίνεται με την εισαγωγή όλων αυτών των μεταβλητών σε μια εξίσωση . Οδηγίες
Η 1

Γράψτε την εξίσωση που χρησιμοποιείται για τον υπολογισμό της μέσης κάλυψης αλληλουχίας . Αυτό θα μοιάζει με την επιθυμητή κάλυψη διαιρούμενο με μέση κανονικοποιημένη κάλυψη . Εάν η επιθυμητή κάλυψη είναι 10x και η μέση κανονικοποιημένη κάλυψη είναι 0,2 , τότε η μέση κάλυψη αλληλουχίας είναι 50 2

Γράψτε την εξίσωση που χρησιμοποιείται για τον υπολογισμό του ποσού της αλληλουχίας . Αυτό θα μοιάζει ( συνολικά στοχευμένες βάσεις ) (μέση κάλυψη αλληλουχίας ) /( απόδοση εμπλουτισμού ) = ποσό της αλληλουχίας .
Εικόνων 3

Συνδέστε 62 MB για " συνολική στοχευμένες βάσεις " και 0,65 για ο " εμπλουτισμός απόδοση . " Προσθέστε το ποσό κάλυψης αλληλουχίας των 50x και η εξίσωση θα μοιάζει (62) (50) /0.65 . Το αποτέλεσμα της εξίσωσης θα είναι 4,8 GB δεδομένων αλληλουχίας .
Εικόνων